Summary

cron が途中で止まると、cronが動作していないにも関わらず、
Attempting to re-run cron while it is already running. のエラーが発生する。

今回は、 drush で cron の処理中に中断させると発生した。

% drush -r /path/to/drupal cron

DBのvariable.cron_semaphore を削除し、
キャッシュをクリアさせれば良い。

DBのvariable.cron_semaphore を削除

[src:sql]
SELECT * FROM variable WHERE NAME = 'cron_semaphore';
DELETE FROM variable WHERER NAME = 'cron_semaphore';
[src]

キャッシュをクリア

% drush -r /path/to/drupal cc

Reference

Attempting to re-run cron while it is already running. | drupal.org
http://drupal.org/node/160652