Summary
設定すべき項目は以下．;; Disable Output Buffering
output_buffering = Off
;; Set HTTP header charset
; default_charset = EUC-JP
;; Set default language to Japanese
mbstring.language = Japanese
;; HTTP input encoding translation is enabled.
mbstring.encoding_translation = off
;; Set HTTP input encoding conversion to auto
mbstring.http_input = pass
;; Convert HTTP output to EUC-JP
mbstring.http_output = pass
;; Set internal encoding to EUC-JP
mbstring.internal_encoding = EUC-JP
;; Do not print invalid characters
mbstring.substitute_character = none
mbstring.detect_order = SJIS,EUC-JP,JIS,UTF-8,ASCII
誤解1: default_charsetはデフォルトの文字コードのことではない．
default_charsetは，出力時にHTTPヘッダとして送信する文字コード名のこと．default_mimetype = 'text/html'
default_charset = 'utf-8' の場合
header('Content-Type: text/html; charset:utf-8');が自動的に実行される．
Content-Typeが固定されるため，default_charsetは使用すべきではない．
誤解2: languageパラメータは内部言語のことではない．
languageパラメータは，mb_send_mailを利用した際にのみ使用される．また，mb_send_mailは文字コードの変換を指定できないため，使用すべきでない．
PEAR::Mailで代替可能．
よって，languageパラメータは実質的に意味をなさない．
誤解3: internal_encodingは内部エンコードのことではない．
internal_encodingはmbstring関数のデフォルトエンコードのこと．mb_convert_kanaなどで変換元文字コードの指定がない場合に使用される．
変換元文字コードを固定にするため，
internal_encodingはソースコードの文字コードと揃えておくと良い．
誤解4: http_outputを指定しても，自動的に文字コードは変換されない．
http_outputとは，mb_output_handlerが実行された時の出力エンコード．ob_start("mb_output_handler")と指定して初めて使われる．
また，http_outputの動作条件は，出力がtext/htmlである必要がある．
誤解5: detect_orderでautoを指定してはいけない．
detect_orderとは，文字コードの自動検出の優先順位のこと．未指定の場合は，"auto" という値になるが，
"auto" は "ASCII,JIS,UTF-8,EUC-JP,SJIS" に展開される．
マルチバイトを扱う際に，ASCIIが最初にある点が問題．
出力する文字コードを先頭にし，JISやASCIIは最後の方に設定する．
結論
対策1: default_charsetを設定しない．対策2: mb_send_mailを使用しない．
対策3: internal_encodingをソースコードの文字コードと揃える．
対策4: http_outputを使用しない．
対策5: detect_orderは必ず指定する．
Reference
PHPの文字化けを本気で解決する - ぎじゅっやさんhttp://hain.jp/index.php/tech-j/2007/02/13/%EF%BC%B0%EF%BC%A8%EF%BC%B0%E3%81%AE%E6%96%87%E5%AD%97%E5%8C%96%E3%81%91