IE6はページの先頭行がDOCTYPEでないと、IE5互換モードでレンダリングしてしまうためです。
IE6の場合、XML宣言が先頭行にあると、W3C準拠モードでレンダリングされません。
IE6の有名なバグです。

DOCTYPEをドキュメントの先頭に置かないとW3C準拠モード(strict standards-compliant mode)にならない。
上記のXML宣言もドキュメントの先頭に置かなければならない。
結果、XHTMLの場合、XML宣言をすると、W3C準拠モードにならない。

- Reference
SourceForge - Pukiwiki Official - 続・質問箱/116
http://pukiwiki.sourceforge.jp/?%E7%B6%9A%E3%83%BB%E8%B3%AA%E5%95%8F%E7%AE%B1%2F116
Web Workshop - XML に関するよく寄せられる質問 - XML 宣言は何を実行するのですか?
http://msdn.microsoft.com/library/ja/jpwebwk/xml/general/xmlfaq.asp?frame=true#issues-declaration
MSDN Home > MSDN Library > Web Development > HTML and CSS > HTML and DHTML
Reference > Objects > !DOCTYPE (Internet Explorer - DHTML)
http://msdn.microsoft.com/workshop/author/dhtml/reference/objects/doctype.asp