原因

  環境変数の
  TEXMF
  TEXMFMAIN
  TEXMFCNF
  の設定が間違っている

今回の原因

  C:\autoexec.bat
  でTEXMF，TEXMFCNFが設定されていた．

原因追求法

  1. fmtutil.cnf が存在するか

dir c:\usr\local\share\texmf\web2c\fmtutil.cnf

  Failed to find cnffile fmtutil.cnf.
  と表示されたら，fmtutil.cnfが見つからない．

  2. 環境変数TEXMFMAIN のチェック

kpsewhich -expand-var $TEXMFMAIN

  3. 環境変数TEXMFCNF のチェック

kpsewhich -expand-braces $TEXMFCNF

  4. fmtutil.cnf のチェック

kpsewhich -format="web2c files" fmtutil.cnf

Reference

  日本語TeX情報 - TeX Q & A - 7745
  http://www.matsusaka-u.ac.jp/~okumura/texfaq/qa/7745.html
  日本語TeX情報 - TeX Q & A - 7747
  http://www.matsusaka-u.ac.jp/~okumura/texfaq/qa/7747.html
  日本語TeX情報 - TeX Q & A - 7748
  http://www.matsusaka-u.ac.jp/~okumura/texfaq/qa/7748.html
  日本語TeX情報 - TeX Q & A - 7749
  http://www.matsusaka-u.ac.jp/~okumura/texfaq/qa/7749.html
  日本語TeX情報 - TeX Q & A - 7750
  http://www.matsusaka-u.ac.jp/~okumura/texfaq/qa/7750.html
  日本語TeX情報 - TeX Q & A - 7751
  http://www.matsusaka-u.ac.jp/~okumura/texfaq/qa/7751.html
  日本語TeX情報 - TeX Q & A - 7752
  http://www.matsusaka-u.ac.jp/~okumura/texfaq/qa/7752.html
  日本語TeX情報 - TeX Q & A - 7754
  http://www.matsusaka-u.ac.jp/~okumura/texfaq/qa/7754.html
  日本語TeX情報 - TeX Q & A - 7755
  http://www.matsusaka-u.ac.jp/~okumura/texfaq/qa/7755.html
  日本語TeX情報 - TeX Q & A - 7756
  http://www.matsusaka-u.ac.jp/~okumura/texfaq/qa/7756.html
  日本語TeX情報 - TeX Q & A - 7757
  http://www.matsusaka-u.ac.jp/~okumura/texfaq/qa/7757.html