順番

  1. クライアントの --default-character-set オプションを見る
  2. サーバのキャラクタセットを調べる
  3. デフォルトのキャラクタセットを使用する (configure --with-charset=****)
  4. キャラクタセットのconfファイルを探す

補足

  ver. 3.23 の場合

Reference

  Soft Agency - 実践MySQL / MySQLの日本語文字コード対応
  http://www.mysql.jp/mysql/TIPS/jp.html